1、先天性生理缺陷。
主要是生殖器官发育不全或异常，不能产生正常的精子或精子过少甚至无精子，不能产生男性激素而性欲低下，或精子不能排出。女子卵巢疾患，不能产生卵子及女性激素，性欲低下或减退；或子宫疾患，宫寒不孕，月经不调，不能形成受精卵，也不能孕育胚胎。
先天性生理缺陷，《内经》中称之为“天宦”，如《灵枢·五音五味》有“天宦者，……此天之所不足也（注：天宦是先天性生殖器官发育不全），其任冲不盛，宗筋（此指男子的外生殖器）不成”的记载。古人把产生和贮存精子的器官称为“精室”（亦称“精宫”），把睾丸称为“外肾”，把发生月经和孕育胎儿的器官称为“胞宫”，精室、胞宫的功能与生殖有着直接的关系，如清代唐容川的《医经精义》说：“女子之胞，男子精室，乃血气交会，化精成胎之所。”由于先天性生理缺陷，生殖器官发育不全或异常等因素而形成的男子不育、女子不孕，在中医理论中往往称之为先天不足、肾亏。
2、房劳伤肾。
就成胎与育胎而言，如青年男女肾气尚未充足而早婚，或性生活过于频繁，或恣情纵欲，可导致遗精、滑精、白淫、阳痿、早泄。《素问·痿论》说：“思想无穷，所愿不得，意淫于外，入房太甚，……发为……白淫。”《证治要诀》又说：“色欲过度，下元虚惫，泄滑无禁。”如此，必损伤肾气，而不能受精成胎。古医学家张仲景认为男女不孕不育和不能优生，体现在阳虚、精亏、阴寒、亡血几方面， 总归与虚劳密切相关。由于人的形成乃父精母血相合的结果，因此，无论精虚还是血亏都是导致不孕不育的关键因素。
3、情志变化等情志因素。
中医认为“恐伤肾”“恐则气下”，“惊则精却”。心动则相火亦动，动则精自走，相火翕然而起，虽不交会，亦暗流而疏泄矣。一是指人的情欲太过，致使邪火妄动，损耗其阴，虽无房事，也可致肾虚。其二指各种神志活动太过，久之可导致肾虚，即所谓“先伤其气者，气伤必及于精”。
