阴茎畸形有阴茎过大、过小及尿道下裂等。每个人阴茎大小差异很大，但只要是正常发育，大一些或小一些均不影响婚后性生活完成，因此对结婚并无影响。据调查，我国成年男子勃起阴茎长度约为11〜15厘米。临床上见到的小阴茎者，常伴有生殖功能低下及垂体和松果体功能不全，应及早进行治疗;而大阴茎者主要见于早熟儿及先天性垂体或肾上腺功能异常亢进者。
尿道下裂是男性最常见的尿道和外生殖器畸形，多属先天性发育异常。根据尿道口位置分为茎头型、阴茎型、阴囊型和会阴型。这几种类型如不合并有生殖器官的其他异常，其生精功能并不受影响。严重的尿道下裂，即使性功能正常，性生活能够完成但由于精液不能正常地射人阴道，也会造成不育。因此，对于尿道下裂，最好在婚前予以矫正。尿道下裂对性功能的影响主要表现在两个方面：首先是本身的影响，使完成正常的性活动困难，甚至在幼年时可发生性別认识错误，误将其作为女孩抚养。而心理影响比生理影响更大，患者在婚前心理压力很大，甚至影响婚后生活美满。如果不合并其他发育不良，经矫治后，患者有正常性机能及可进行正常的性生活，并不妨碍其结婚。
另外，还有先天性无阴茎、隐匿阴茎，以及尿道海绵体和阴茎海绵体缺损等情况，但都极少见。这些人一般需手术矫治，多无生育能力。
隐睾在男性生殖系统畸形中也很常见。睾丸开始发育时是位于腹腔内，随着出生后的发育，睾丸才从腹腔逐渐下降到阴囊内，如果睾丸未能下降到阴囊，就会形成隐睾。对于单侧隐睾患者来说，阴囊内的睾丸具有生精功能，这种男子的生育能力一般不会受到影响。双侧隐睾患者生精力丧失或极差，一般无生育能力，但因内分泌功能不受影响，其第二性征及性欲等也不受影响，所以不影响其结婚。单侧隐睾患者虽有一定的生育能力，但较常人偏低，而且睾丸位置异常易发生恶变。所以，对于隐睾患者，无论单侧还是双侧的，都应及早治疗。
包茎是指包皮不能上翻使阴茎头外露。包皮过长是指包皮冗长遮盖阴茎头和尿道外口，但可以翻转而显露阴茎头。虽然这两种病症并不影响性生活和生育能力，但由于积聚于包皮下的皮脂腺分泌物和上皮脱屑形成的包皮垢易导致感染而引起阴茎头包皮炎，而且会造成女性的感染，所以，应该及早手术治疗。
男性假两性畸形，即性腺为睾丸，但外生殖器发育差，或具有男女两性特征或呈女性外观，男性的第二性征不明显，因男性激素分泌少，可出现女性第二性征的表现。这类患者多有遗传因素的缺陷，性染色体虽为XY型，但在胚胎性分化过程中却发生了异常改变，他们一般无生育能力，不能进行性生活。
