经常服用板蓝根，可能会造成人体免疫功能的下降，尤其是对于婴幼儿来说，常服板蓝根有时不仅起不到预防疾病的效果，在肝脏解毒能力下降时，仍长时间大剂量服用板蓝根的话，会造成蓄积中毒，伤害婴幼儿的消化系统和造血系统，容易造成上呼吸道出血、白细胞减少等，这样的情况在婴幼儿中尤为常见。这是因为婴幼儿的各种器官尚未发育完全，肝脏功能尚不完善，体内分泌的解毒酶不足。
特别要注意的是，有过敏史的婴幼儿不能轻易服用板蓝根。服用板蓝根过敏主要表现为头昏眼花、胸闷气短、呕吐、面唇青紫、眼结膜充血、两眼胀痛、心慌、烦躁、四肢麻木，或全身皮肤潮红、瘙痒，出现皮疹或荨麻疹，有时表现为全身红斑型药疹。严重时还可引起过敏性休克，出现面色苍白、心悸、大汗淋漓、烦躁不安、呼吸急促、四肢抽搐等，甚至危及生命。
从中医的角度看，板蓝根属于性寒之药，治疗实热之症有较好疗效，但是对于那些脾胃虚寒的婴幼儿来说，经常服用板蓝根，会致使他们出现口淡、疲劳等症状，造成体质下降，不仅起不到防病的目的，反而会致病。
有人认为，中药副作用小，可以放心服用。实际上，这种认识是片面的。“是药三分毒”，中药也不例外。药物是用来治疗疾病的，不能随意服用。处方药必须要在医生的指导下服用，服用时要严格按照药物规定的剂量。非处方类药物在购买时要向药剂师咨询，仔细阅读说明书，避免发生不良反应。因此，市民尤其是婴幼儿不要轻易自行服用中药预防流感，更不能把板蓝根冲剂当茶饮。
