再生不良性贫血
这是氯霉素最严重副作用，即使停药也无法恢复，是一种所有由骨髓制造的血球都减少的病症(pancytopenia);虽然发生的机率极低，但是却能致死(死亡率高达80%)。一般而言，口服氯霉素的再生不良性贫血发生机率约为四万分之一，点氯霉素眼药水的发生机率则约为二十万分之ㄧ以下。直到目前为止，氯霉素引起再生不良性贫血发生的可能性，仍无法以任何方式预测。
氯霉素的副作用
骨髓抑制
此一副作用较常发生，主要因为氯霉素对粒线体有毒性作用，可使得骨髓的造血功能下降;剂量越高作用越强。一般只要及时停药，就可以复原。
灰婴儿症候群
症状包括婴儿不规则且浅的呼吸、低血压、体温下降、无法吸奶、腹胀以及皮肤的灰蓝色发绀现象。一般在婴儿静脉注射氯霉素时，可发生此一副作用，主要是因为初生的婴儿肝脏功能不完全，使得氯霉素大量累积在体内，产生毒性作用。避免的方法包括减少使用剂量及监测血液浓度等，最好是不要在四岁以下儿童或是肝功能异常患者使用氯霉素。
其他可能相关病症
在孩童使用氯霉素，可增加白血病的发生机率;一般使用的时间越长，发生机率越大。氯霉素亦可造成噁心、呕吐、头痛、腹泻、耳鸣、叶酸缺乏、肝脏功能下降、周边神经炎等副作用。极少数患者可能会产生过敏现象。
氯霉素的副作用
眼科较常见副作用
可能会令眼睛灼痛(短暂)，或是视野模糊。
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